Nous sommes entrés dans une nouvelle phase de l’histoire du séquençage complet du génome (WGS). « L‘information est le nouveau pétrole ». Disent les scientifiques de l’Université de Toronto.

Toronto devient l’un des principaux producteurs mondiaux de données biologiques (biodata)

L’Université de Toronto a lancé un projet massif visant à séquencer le génome entier de 10 000 personnes par an, positionnant Toronto comme un chef de file dans la course mondiale pour comprendre les maladies complexes.

Stephen Scherer U of T
photo by Johnny Guatto

« Avec une population parmi les plus diversifiées dans le monde, le projet fournira une largeur inhabituelle de matériel génétique à étudier », a déclaré le professeur Stephen Scherer, directeur de l’Université de Toronto McLaughlin Centre et le Centre de génomique appliquée à l’hôpital pour enfants malades (SickKids).

Il a dit que le mouvement permettra d’accélérer la révolution des données et de créer une nouvelle génération de thérapie de précision.

« Le séquençage marié à des calculs à grande échelle, je crois que nous pouvons aider à ouvrir la voie pour une médecine de précision. L’information génomique est le nouveau pétrole. C’est la ressource qui va diriger la technologie dans la nouvelle ère. »

« Nous produisons le pétrole que les chercheurs utiliseront pour permettre des découvertes et pour créer de nouveaux produits dans le domaine du logiciel, de la biotechnologie et de la gestion de l’information qui permettront de réaliser des médicaments de précision. »

En 2015, les scientifiques de Toronto, dirigés par Scherer, ont obtenu un financement concurrentiel de la Fondation canadienne pour l’innovation pour acheter le système de séquençage Illumina HiSeq X ™ Ten, ainsi que des ordinateurs puissants qui peuvent traiter ensemble les 10 000 génomes par année. Auparavant, les chercheurs de Toronto avaient été obligés d’envoyer des génomes à des laboratoires offshores pour le séquençage, causant des retards dans la recherche et des coûts nettement plus élevés. Le projet engendrera des données provenant de milliers de génomes témoins servant de contrôle crucial pour les chercheurs du monde. Les génomes à séquencer dans le laboratoire de Scherer, fourniront aux chercheurs médicaux le critère nécessaire pour comparer les maladies.

« Le travail révolutionnaire que l’Université de Toronto et SickKids ont fait pour le MSSNG Autism Genome Sequencing Project (projet de séquençage du génome autistique) et le Canadian Personal Genome Project (projet de génome personnel canadien) a préparé le terrain pour la création d’un grand génome de référence pédiatrique qui aura une utilité de grande envergure dans les maladies complexes », Christian Henry, vice-président exécutif et directeur commercial d’Illumina. « Nous croyons que la communauté de recherche de Toronto est déjà liée à de vastes dépôts de données sur la santé des patients et s’engage à trouver des réponses dans des maladies complexes. »

MSSNG est une collaboration innovante entre Google Cloud et Autism Speaks pour créer la plus grande base de données génomiques au monde sur l’autisme. Prononcé “missing”, les voyelles sont laissées de côté, symbolisant « les pièces manquantes du puzzle de l’autisme ».

Le projet complet de génome de Toronto travaille avec des innovateurs en technologie de la santé de premier plan, dont Verily Life Sciences, une société Alphabet.

« Le séquençage complet du génome rapproche les mondes des sciences de la vie et de la science des données », a déclaré David Glazer, membre du comité directeur de Global Alliance for Genomics and Health (Alliance mondiale pour la génomique et la santé), fondateur de Google Genomics et directeur de l’ingénierie chez Verily Life Sciences. « La combinaison de ces deux disciplines est l’une des frontières les plus passionnantes de la médecine d’aujourd’hui. Notre collaboration sur le projet de 10 000 génomes MSSNG est un bon exemple de l’opportunité ; Nous sommes impatients de voir les nombreux autres projets de ce type permis par l’annonce d’aujourd’hui. »

Le Big Data, les flux massifs d’informations engendrés par les progrès de la puissance de calcul, transforment la recherche médicale. Le séquençage du génome complet est utilisé pour comprendre la vie à son niveau le plus fondamental, mais aussi pour trouver des défauts génétiques uniques qui sous-tendent la maladie chez les individus, et concevoir des diagnostics et des traitements de précision pour eux.

« Toronto a des avantages uniques au monde qui nous permettent de générer des ensembles de données de haute qualité et de les gérer de façon sécuritaire et éthique », a déclaré le professeur Trevor Young, doyen de la Faculté de médecine de l’Université de Toronto, qui regroupe près de 6 000 membres du corps professoral de 33 hôpitaux de la région du Grand Toronto.

Dans un rayon d’un mile, nous avons l’une des plus importantes écoles de médecine au monde, reliée à la plupart des hôpitaux les plus importants du Canada et à d’autres domaines de recherche clés comme l’informatique et l’ingénierie, ainsi que le siège des principales institutions financières du Canada.

University of Toronto